Profile

Education

• Apr. 2001 – Mar. 2004: Doctor of Science, Ph.D. Doctor’s Degree Course Division of Genome Information Resources, Science of Biological Supramolecular Systems, Graduate School of Integrated Science, Yokohama City University

• Apr. 1999 – Mar. 2001: Master of fisheries. Master’s Degree Course Graduate School of Marine Science and Technology, Tokai University

• Apr. 1995 – Mar. 1999: Bachelor of science. Undergraduate student Department of Marine Science and Technology, Tokai University

Employment

• Apr. 2020 - current: Professor, Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science, Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo

• 
  

• Apr. 2020 - current: Professor, Department of Functional Genome Informatics, Doctoral Program: Biomedical and Bioengineering Track / Master's Program: Health Sciences and Biomedical Engineering, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Tokyo Medical and Dental University

• Apr. 2020 - current: Professor (Collaborative Graduate School Program), Master's/Doctoral Program in Life Science Innovation (Bioinformatics), Degree Programs in Systems and Information Engineering, Graduate School of Science and Technology, University of Tsukuba

• Apr. 2019 -  current: Team Leader, Laboratory for Bioinformatics Research, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

• Apr. 2020 - Sep. 2024: Professor, Department of Functional Genome Informatics, Division of Medical Genomics, Medical Research Institute, Tokyo Medical and Dental University (TMDU)

• Jun. 2018 -  Mar 2020. Professor (Collaborative Graduate School Program), Bioinformatics Course, Master’s/Doctoral Program in Life Science Innovation (T-LSI), School of Integrative and Global Majors (SIGMA), University of Tsukuba

• Apr. 2018 -  Mar. 2019: Unit Leader, Laboratory for Bioinformatics Research, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

• July 2017 – Mar. 2018: Unit Leader, Single-cell Omics Research Unit, RIKEN Center for Developmental Biology. Japan. (concurrent)

• Apr. 2013 - Mar. 2018: Unit Leader, Bioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and Communication, RIKEN, Japan.

• Apr. 2014 - Mar. 2016: Senior Research Scientist, Preventive medicine and applied genomics unit, Advanced Center for Computing and Communication, RIKEN, Japan. (concurrent)

• Jun. 2006 – Mar. 2013: Researcher, Functional genomics unit, Center for Developmental Biology, RIKEN Kobe Institute

• Apr. 2004 – May. 2006: Research fellow, Division of Functional Genomics & Systems Medicine, Research Center for Genomic Medicine, Saitama Medical School

Visiting and Temporary Position

• Jun. 2019-: Advisor, Knowledge Palette, Inc.

• Apr. 2016: Part-time Lecturer. Kumamoto University.

• Apr. 2014 – Mar. 2018: Senior Research Scientist. Preventive Medicine and Applied Genomics Unit. RIKEN Advanced Center for Computing and Communication.

• Apr. 2014 – May. 2017: Visiting Associate Professor. Toho University.

• Jun. 2006 – Mar. 2007: Visiting instructor, Division of Functional Genomics & Systems Medicine, Research Center for Genomic Medicine, Saitama Medical School

• Apr. 2004 – May. 2006: Cooperative research fellow, Genome Exploration Research Group, Genomic Sciences Center, RIKEN Yokohama Institute

• Apr. 1998 – Mar. 2001: Collaborate researcher, Kasusa DNA Research Institute

Internship

• Apr. 2003 – Mar. 2004: Intern, Division of Functional Genomics & Systems Medicine, Research Center for Genomic Medicine, Saitama Medical School

• Apr. 2001 – Mar. 2004: Intern, Genome Exploration Research Group, Genomic Sciences Center, RIKEN Yokohama Institute

• Apr. 1998 – Mar. 2001: Intern, Tokai University, Center for Advanced Technology

Please refer to the following URL for our achievements in 2021 and beyond.

https://researchmap.jp/dritoshi?lang=en

Publication

Preprint/submitted:

1. Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii,  Itoshi Nikaido. Uncovering hypergraphs of cell-cell interaction from single cell RNA-sequencing data. bioRxiv. (submitted)

2. Hirotaka Matsumoto, Hisanori Kiryu, Yasuhiro Kojima, Suguru Yaginuma, Itoshi Nikaido. An efficient gene regulatory network inference algorithm for early Drosophila melanogaster embryogenesis. bioRxiv.

Published/in press

1. Sabrina T. Amorim, Koki Tsuyuzaki, Itoshi Nikaido, and Gota Morota. Improved MeSH analysis software tools for farm animals. Animal Genetics. 2021.

2. Tappei Mishina, Namine Tabata, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mana Umeda, Masashi Mori, Yayoi Ikawa, Hiroshi Hamada, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima. Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction. Aging Cell. 10 July 2021.

3. Satoru Ishihara*, Yohei Sasagawa, Takeru Kameda, Mana Umeda, Hayato Yamashita, Naoe Kotomura, Masayuki Abe, Yohei Shimono, Itoshi Nikaido*. The local state of chromatin compaction at transcription start sites controls transcription levels. Nucleic Acid Research. gkab587. 07 July 2021. (**co-corresponding author) 

4. Ayumi Yamada, Takae Hirasawa, Kayako Nishimura, Chikako Shimura, Naomi Kogo, Kei Fukuda, Madoka Kato, Masaki Yokomori, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Yoichiro Iwakura, Itoshi Nikaido, Shigeyoshi Itohara, Yoichi Shinkai. Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra Syndrome. iScience. June 16, 2021

5. Ritsuko Morita, Noriko Sanzen, Hiroko Sasaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Takaya Abe, Hiroshi Kiyonari, Yasuhide Furuta, Itoshi Nikaido, Hironobu Fujiwara. Tracing the origin of hair follicle stem cells. Nature.2021

6. Tomoyo Sawada*, Thomas E. Chater*, Yohei Sasagawa*, Mika Yoshimura, Noriko Fujimori-Tonou, Kaori Tanaka, Kynon J. M. Benjamin, Apuã C. M. Paquola, Jennifer A. Erwin, Yukiko Goda, Itoshi Nikaido, Tadafumi Kato. Developmental Excitation-Inhibition Imbalance Underlying Psychoses Revealed by Single-Cell Analyses of Discordant Twins-Derived Cerebral Organoids. Molecular Psychiatry. 2020 (*These authors contributed equally)

7. Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Hiroshi Kimura, Zhe Liu, Takashi Yamamoto, Tadashi Okamura, Yasuyuki Ohkawa, Itoshi Nikaido. Genome-wide analysis of transcriptional bursting-induced noise in mammalian cells. Science Advances 17 Jun 2020: Vol. 6, no. 25, eaaz6699.

8. Hiroki Michida, Hiroaki Imoto, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Masahide Seki, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Kasukawa Takeya, Yutaka Suzuki, Mariko Okada-Hatakeyama. The number of transcription factors at an enhancer determine switch-like gene expression. Cell Reports. VOLUME 31, ISSUE 9, 107724, JUNE 02, 2020.

9. Elisabetta Mereu, Atefeh Lafzi, Catia Moutinho, Christoph Ziegenhain, Davis J. McCarthy, Adrian Alvarez, Eduard Batlle, Sagar, Dominic Grün, Julia K. Lau, Stéphane C. Boutet, Chad Sanada, Aik Ooi, Robert C. Jones, Kelly Kaihara, Chris Brampton, Yasha Talaga, Yohei Sasagawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Caroline Braeuning, Cornelius Fischer, Sascha Sauer, Timo Trefzer, Christian Conrad, Xian Adiconis, Lan T. Nguyen, Aviv Regev, Joshua Z. Levin, Swati Parekh, Aleksandar Janjic, Lucas E. Wange, Johannes W. Bagnoli, Wolfgang Enard, Marta Gut, Rickard Sandberg, Itoshi Nikaido, Ivo Gut, Oliver Stegle, Holger Heyn. Benchmarking Single-Cell RNA Sequencing Protocols for Cell Atlas Projects. Nature Biotechnology. 06 April 2020.

10. Seiji Shiozawa, Mayutaka Nakajima, Junko Okahara, Yoko Kuortaki, Fumihiko Kisa, Sho Yoshimatsu, Mari Nakamura, Ikuko Koya, Mika Yoshimura, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Erika Sasaki, and Hideyuki Okano. Primed to naïve-like conversion of the common marmoset embryonic stem cells. Stem Cells and Development. 18 Mar 2020.

11. Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Umeda Mana, Itoshi Nikaido. Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets. BMC Genomics volume 21, Article number: 177, 2020.

12. Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido. A NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data. NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 1, March 2020.

13. Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato, Itoshi Nikaido. Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing. Genome Biology. 21, Article number: 9, 2020.

14. Akinori Okumura, Tetsutaro Hayashi, Masashi Ebisawa, Mika Yoshimura, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Yoshihiko Umesono, Makoto Mochii. Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration. Development Growth and Differentiation. Dec;61(9):447-456. 2019

15. Yohei Sasagawa, Tetsutaro Hayashi and Itoshi Nikaido. Strategies for converting RNA to amplifiable cDNA for single-cell RNA sequencing methods. Single Molecular and Single Cell Sequencing. Advances in Experimental Medicine and Biology. Springer. Apr 10, 2019

16. Kenta Sato, Koki Tsuyuzaki, Kentaro Shimizu, Itoshi Nikaido. CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA-sequencing. Genome Biology. 20:31. 2019.

17. Hideki Kobayashi, Takahiko Nagahama, Wataru Arai, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Hiromi Watanabe, Kazumasa Oguri, Hiroshi Kitazawa, Kantaro Fujioka, Yukari Kido, Hideto Takami. Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry.

18. Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada,  Masashi Ebisawa, Tetsutaro Hayashi,  Akira Kurisaki, Itoshi Nikaido. Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads. Genome Biology. 2018.

19. Tetsutaro Hayashi*, Haruka Ozaki*, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno and Itoshi Nikaido. Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs. Nature Communications. 2018.

20. Koki Tsuyuzaki and Itoshi Nikaido. Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-Review and Perspective. HeteroNAM’18. WSDM2018. 2018.

21. MuhChyi Chai, Tsukasa Sanosaka, Hironobu Okuno, Zhi Zhou, Ikuko Koya, Satoe Banno, Tomoko Andoh-Noda, Yoshikuni Tabata, Rieko Shimamura, Tetsutaro Hayashi, Masashi Ebisawa, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Hideyuki Okano, and Jun Kohyama. The chromatin remodeler CHD7 regulates stem cell identity of human neural progenitors. Genes and Development. 2018.

22. Matsumoto H, Kiryu H, Furusawa C, Ko MSH, Ko SBH, Gouda N, Hayashi T, Nikaido I. SCODE: An efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation. Bioinformatics. Volume 33, Issue 15, 1 August 2017, Pages 2314–2321.

23. G. Morota, F. Peñagaricano, J. L. Petersen, D. C. Ciobanu, K. Tsuyuzaki and I. Nikaido. An application of MeSH enrichment analysis in livestock. Animal Genetics. 2015, Aug;46(4):381-7.

24. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido. MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. BMC Bioinformatics. 2015, Feb. 16:45.

25. Kenjiro Adachi*, Itoshi Nikaido*, Hiroshi Ohta, Satoshi Ohtsuka, Hiroki Ura, Teruhiko Wakayama, Hiroki R. Ueda & Hitoshi Niwa. Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells. Molecular Cell. 2013. (*Equally contributions)

26. Sasagawa Y*, Nikaido I*, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T and Ueda HR. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity. Genome Biology 14:R31. 2013 (*Equally contributions)

27. Yoshimoto N, Kida A, Xu J, Kurokawa M, Iijima M, Niimi T, Maturana AD, Nikaido I, Ueda HR, Tatematsu K, Tanizawa K, Kondo A, Fujii I & Kuroda S. An automated system for high-throughput single cell-based breeding. Scientific Reports 3, Article number: 1191. 2013.

28. Okamura-Oho Y, Shimokawa K, Takemoto S, Hirakiyama A, Nakamura S, Tsujimura Y, Nishimura M, Kasukawa T, Masumoto K, Nikaido I, Shigeyoshi Y, Ueda HR, Song G, Gee J, Himeno R, Yokota H.  Transcriptome Tomography for Brain Analysis in the Web-Accessible Anatomical Space. PLoS ONE 7(9): e45373. 2012

29. Kasukawa T*, Masumoto KH*, Nikaido I*, Nagano M, Uno KD, Tsujino K, Hanashima C, Shigeyoshi Y, Ueda HR. Quantitative expression profile of distinct functional regions in the adult mouse brain. PLoS One. 2011;6(8):e23228. Epub 2011 Aug 12. (*Equally contributions)

30. Tokuzawa Y, Yagi K, Yamashita Y, Nakachi Y, Nikaido I, Bono H, Ninomiya Y, Kanesaki-Yatsuka Y, Akita M, Motegi H, Wakana S, Noda T, Sablitzky F, Arai S, Kurokawa R, Fukuda T, Katagiri T, Schönbach C, Suda T, Mizuno Y, Okazaki Y. Id4, a new candidate gene for senile osteoporosis, acts as a molecular switch promoting osteoblast differentiation. PLoS Genet. 2010 Jul 8;6(7):e1001019.

31. Suzuki K, Ohbayashi F, Nikaido I, Okuda A, Takaki H, Okazaki Y, Mitani K. Integration of exogenous DNA into mouse embryonic stem cell chromosomes shows preference into genes and frequent modification at junctions. Chromosome Res. 2010 Feb;18(2):191-201. Epub 2010 Feb 23.

32. Nakachi Y, Yagi K, Nikaido I, Bono H, Tonouchi M, Schönbach C, Okazaki Y. Identification of novel PPARgamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation. Biochem Biophys Res Commun. 2008 Jul 25;372(2):362-6. Epub 2008 May 19.

33. Nikaido I, Saito C, Wakamoto A, Tomaru Y, Arakawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y. EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32:D548-51.

34. Nikaido I, Saito C, Mizuno Y, Meguro M, Bono H, Kadomura M, Kono T, Morris GA, Lyons PA, Oshimura M, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1402-9.

35. Kasukawa T, Furuno M, Nikaido I, Bono H, Hume DA, Bult C, Hill DP, Baldarelli R, Gough J, Kanapin A, Matsuda H, Schriml LM, Hayashizaki Y, Okazaki Y, Quackenbush J. Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1542-51. 

36. Bono H, Nikaido I, Kasukawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1345-9.

37. Bono H, Yagi K, Kasukawa T, Nikaido I, Tominaga N, Miki R, Mizuno Y, Tomaru Y, Goto H, Nitanda H, Shimizu D, Makino H, Morita T, Fujiyama J, Sakai T, Shimoji T, Hume DA, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1318-23.

38. Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, Adachi J, Bono H, Kondo S, Nikaido I, Osato N, Saito R, Suzuki H, Yamanaka I, Kiyosawa H, Yagi K, Tomaru Y, Hasegawa Y, Nogami A, Schönbach C, Gojobori T, Baldarelli R, Hill DP, Bult C, Hume DA, Quackenbush J, Schriml LM, Kanapin A, Matsuda H, Batalov S, Beisel KW, Blake JA, Bradt D, Brusic V, Chothia C, Corbani LE, Cousins S, Dalla E, Dragani TA, Fletcher CF, Forrest A, Frazer KS, Gaasterland T, Gariboldi M, Gissi C, Godzik A, Gough J, Grimmond S, Gustincich S, Hirokawa N, Jackson IJ, Jarvis ED, Kanai A, Kawaji H, Kawasawa Y, Kedzierski RM, King BL, Konagaya A, Kurochkin IV, Lee Y, Lenhard B, Lyons PA, Maglott DR, Maltais L, Marchionni L, McKenzie L, Miki H, Nagashima T, Numata K, Okido T, Pavan WJ, Pertea G, Pesole G, Petrovsky N, Pillai R, Pontius JU, Qi D, Ramachandran S, Ravasi T, Reed JC, Reed DJ, Reid J, Ring BZ, Ringwald M, Sandelin A, Schneider C, Semple CA, Setou M, Shimada K, Sultana R, Takenaka Y, Taylor MS, Teasdale RD, Tomita M, Verardo R, Wagner L, Wahlestedt C, Wang Y, Watanabe Y, Wells C, Wilming LG, Wynshaw-Boris A, Yanagisawa M, Yang I, Yang L, Yuan Z, Zavolan M, Zhu Y, Zimmer A, Carninci P, Hayatsu N, Hirozane-Kishikawa T, Konno H, Nakamura M, Sakazume N, Sato K, Shiraki T, Waki K, Kawai J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Miyazaki A, Sakai K, Sasaki D, Shibata K, Shinagawa A, Yasunishi A, Yoshino M, Waterston R, Lander ES, Rogers J, Birney E, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team. Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature. 2002 Dec 5;420(6915):563-73.

39. Mizuno Y, Sotomaru Y, Katsuzawa Y, Kono T, Meguro M, Oshimura M, Kawai J, Tomaru Y, Kiyosawa H, Nikaido I, Amanuma H, Hayashizaki Y, Okazaki Y. Asb4, Ata3, and Dcn are novel imprinted genes identified by high-throughput screening using RIKEN cDNA microarray. Biochem Biophys Res Commun. 2002 Feb 8;290(5):1499-505.

40. Kawai J, Shinagawa A, Shibata K, Yoshino M, Itoh M, Ishii Y, Arakawa T, Hara A, Fukunishi Y, Konno H, Adachi J, Fukuda S, Aizawa K, Izawa M, Nishi K, Kiyosawa H, Kondo S, Yamanaka I, Saito T, Okazaki Y, Gojobori T, Bono H, Kasukawa T, Saito R, Kadota K, Matsuda H, Ashburner M, Batalov S, Casavant T, Fleischmann W, Gaasterland T, Gissi C, King B, Kochiwa H, Kuehl P, Lewis S, Matsuo Y, Nikaido I, Pesole G, Quackenbush J, Schriml LM, Staubli F, Suzuki R, Tomita M, Wagner L, Washio T, Sakai K, Okido T, Furuno M, Aono H, Baldarelli R, Barsh G, Blake J, Boffelli D, Bojunga N, Carninci P, de Bonaldo MF, Brownstein MJ, Bult C, Fletcher C, Fujita M, Gariboldi M, Gustincich S, Hill D, Hofmann M, Hume DA, Kamiya M, Lee NH, Lyons P, Marchionni L, Mashima J, Mazzarelli J, Mombaerts P, Nordone P, Ring B, Ringwald M, Rodriguez I, Sakamoto N, Sasaki H, Sato K, Schönbach C, Seya T, Shibata Y, Storch KF, Suzuki H, Toyo-oka K, Wang KH, Weitz C, Whittaker C, Wilming L, Wynshaw-Boris A, Yoshida K, Hasegawa Y, Kawaji H, Kohtsuki S, Hayashizaki Y; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team and the FANTOM Consortium. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature. 2001 Feb 8;409(6821):685-90.

41. Nikaido I, Asamizu E, Nakajima M, Nakamura Y, Saga N, Tabata S. Generation of 10,154 expressed sequence tags from a leafy gametophyte of a marine red alga, Porphyra yezoensis. DNA Res. 2000 Jun 30;7(3):223-7.

Conference and academic meeting

• 2021

  • 二階堂愛. TBA. 第85回日本循環器学会学術集会. 2021/03/26-28. (Invited)

  • 二階堂愛. 細胞特性を理解するための大規模トランスクリプトーム技術. 定例医工学フォーラム. 2021/02/10. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. 2020年度難治疾患共同研究拠点シンポジウム.

  • 二階堂愛. TBA. 日本再生医療学会. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. LADEC2020. (Invited)

• 2020

  • 二階堂愛. TBA. AMED再生・細胞医療・遺伝子治療プロジェクト「研究開発交流会」. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. 日本人類遺伝学会. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. 第48回日本臨床免疫学会総会. 2020/10/15-17. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. 御茶ノ水眼アレルギー研究会. 2020/09/09. (Invited)

  • 二階堂愛. ヒト細胞アトラス時代の1細胞トランスクリプトーム解析. 横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」シンポジウム. 横浜. 2020/02/13. (Invited)

  • 二階堂愛. 細胞多様性を明らかにするゲノム科学と情報科学. 文部科学省 科学研究費補助金 新学術領域研究（研究領域提案型）細胞社会ダイバーシティーの統合的解明と制御 第五回公開シンポジウム. 東京. 2020/01/29. (Invited)

• 2019

  • 二階堂愛. TBA. 日本再生医療学会大会. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. 第10回スクリーニング学研究会. 2019/11/22. (Poster)

  • 二階堂愛. 理研イブニングセミナー「1細胞ゲノム科学と情報科学によるヒトの健康の理解」. 2019/11/20. (Invited)

  • 二階堂愛. 高出力1細胞トランスクリプトーム解析の最前線. 研究集会 – 皮膚科学と数理科学の接点 –. 札幌. 2019/10/4. 

  • 二階堂愛. 1細胞から生命を理解するためになにをしてきたか? シングルセルゲノミクス研究会. 柏. 2019/8/30. (Invited)

  • Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: A Full-length Total RNA-sequencing at a Single-cell. EMBO Single-cell Biology Workshop. Tokyo. 20 – 22 May 2019

• 2018

  • Itoshi Nikaido. RamDA-seq: A Single-cell Full-length Total RNA Sequencing Uncovers Dynamics of Various Functional RNAs. Single Cell Science Symposium 2018 – Single Cell Technologies Toward Human Health. Tokyo. Oct. 9. 2018. (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. ワークショップ.  第44回分子生物学会年会. 横浜. 2018年11月28-30日. (Chair & speaker)

  • 二階堂愛. RamDA-seq: Total RNAの発現と全長構造を捉える1細胞RNAシーケンス法 . ランチョンセミナー. 第77回日本癌学会学術総会. 大阪. 2018年9月27-30日. (Invited)

  • 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームのための生化学. シンポジウム「新しいゲノム科学と生化学」 第91回生化学会大会. 京都. 2018年9月24-26日 (Chair & speaker)

  • 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームとその情報解析技術の最前線. オミックス医療学会シンポジウム. 生命医薬情報学連合大会 2018 年大会 (IIBMP2018). 2018年9月19-21日 (Invited)

  • 二階堂愛. TBA. 第5回包括的緩和医療科学学術研究会・第6回Tokyo疼痛緩和次世代研究会. 2018/08/26 (Invited)

  • 二階堂愛. ライフサイエンス研究の生産性を向上させるオンデマンドクラウド. 国立情報学研究所学術情報基盤オープンフォーラム2018. 2018年6月20-21日. 東京. (Invited)

  • 二階堂愛. 細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速で高精度に測定するオミクス技術. シンポジウム「多色細胞系譜解析とオミクスデータの統合による幹細胞・がん研究の新展開」. 第17回日本再生医療学会総会. 横浜. 2018年3月21-23日 (Chair & speaker)

• 2017

  • Haruka Ozaki., Tetsutaro Hayashi., and Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells using RamDA-seq. International Society for Computational Biology 2017 (ISMB/ECCB 2017). (Poster)

  • Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: 1細胞完全長Total RNAシーケンス. 日本人類遺伝学会第62回大会 シンポジウム5：シークエンス技術の進展～一細胞/一分子シークエンス. 2017年11月16日. 神戸. (Invited)

  • Itoshi NIKAIDO. RamDA-seq: あらゆるRNAの全長を1細胞レベルで検出するRNAシーケンス法. ConBio2017 シンポジウム[2AS14] シングルセル解析が切り開く薬理学の新潮流. 2017年12月6-9日. 神戸 (Invited)

  • Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda, Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells. NIG International Symposium. May 27-29, 2017. (Selected Talk)

  • 二階堂愛. RamDA-seq: あらゆるRNAの完全長を捉える1細胞total RNAシーケンス法.  第69回細胞生物学会大会. シンポジウム: 微量サンプルを用いたオミックス解析. 仙台. 2017年6月14日 (Invited)

  • Itoshi NIKAIDO. Disassembling regionalization of neuroectoderm by single-cell RNA-sequencing analysis. The 12th International Workshop on Advanced Genomics. 27-29th June. 2017. Tokyo. (Invited)

• 2016

  • Itoshi NIKAIDO. Disassembling regionalization of neuroectoderm by single-cell transcriptome analysis. International Conference on Single Cell Research 2016. Tokyo. 16-17th November, 2016. (Invited)

  • Itoshi NIKAIDO. A highly quantitative single-cell transcriptome method for realization of effective regenerative medicine. 2nd Kumamoto IRCMS Symposium. Kumamoto. October 31 - November 2, 2016 (Invited)

  • 二階堂愛. Single-cell transcriptome analysis for realization of effective regenerative medicine. 第31回日本薬物動態学会. (Invited)

  • 二階堂愛. Biochemistry of singe-cell RNA-sequencing. ゲノム解析と生化学. 第89回日本生化学会大会. 2016/09/25-27. 仙台.

  • Haruka Ozaki and Itoshi Nikaido. ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data. 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016). World Forum Convention Center in The Hague, The Netherlands. 2016/09/03. 

  • 二階堂愛. 移植細胞に含まれる亜集団を同定する1細胞RNA-seq法. SONYライフサイエンス学術セミナー. 東京. 2016年7月23日. (招待講演)

  • 尾崎遼. 二階堂愛. クロマチンアクセシビリティ測定に基づく遺伝子制御ネットワークの再構築. 第10回日本エピジェネティクス研究会年会. クロマチンアクセシビリティ測定に基づく遺伝子制御ネットワークの再構築. 千里ライフサイエンスセンター. 大阪. 2016.05.20.

  • 林誠. 岩崎佳子. 海老澤昌史. 芳村美佳. 林哲太郎. 笹川洋平. 二階堂 愛. 吉崎悟朗. 1細胞RNA-seq を用いた魚類精原幹細胞マーカーの探索. 平成28年度日本水産学会春季大会. 東京. 日本. 2016/03/26-30

  • 二階堂愛. 亜集団特異的発現マーカーを1細胞・全遺伝子解像度で 探索するためのRNAシーケンス技術. シンポジウム「再生医療とOMICS」. 第15回日本再生医療学会総会 シンポジウム. Osaka. Japan. 2016/03/17-19. (招待講演)

  • 二階堂愛. BioDevOpsによる再現性のあるDNAシーケンス解析環境の構築. NPO並列生物情報処理イニシアティブシンポジウム. 2016/03/11. (招待講演)

  • 二階堂愛. 生命科学研究を加速するためのAIを計測と計算の融合から考える. 第2回 理研・産総研共同シンポジウム. Tokyo. Japan. 2016/02/03 (招待講演)

• 2015

  • 二階堂愛. 超高精度1細胞RNA-seq法. マルチオミクス統合解析の新機軸. 第38回分子生物学会. 2015/12/02. 神戸. (招待講演)

  • Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido. MeSH ORA : R/Bioconductor packages for performing MeSH over-representation analysis in model and non-model organism. Oct 29-30. 2015. IIBMP2015 (JSBi2015). Kyoto. Japan (Poster)

  • Itoshi Nikaido, On the origin of cellular heterogeneity. QBiC Symposium 2015, August 24 – 26, 2015 (Invited)

  • Yoshitsugu Sakai, Shinoda Masataka, Deena Soni, Masashi Ebisawa, Hiroki Danno, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido. High throughput single cell gene expression analysis using SH800Z cell sorter. June 26-30. 2015. CYTO2015. UK. (Poster)

  • 1細胞遺伝子発現解析法 Quartz-Seq Next の開発と細胞不均質性評価. アジレントゲノミクスフォーラム. 2015/06/16. 東京 (招待講演)

  • 二階堂愛. 理研クラウドシステムとBioDevOpsによる再現性のあるシーケンスデータ解析 (仮). DDBJ講習会. 2015/06/12. 東京. (招待講演)

  • 二階堂愛. 安全で効果的な再生医療を社会に届ける次世代DNAシーケンス技術と計算. 電子情報通信学会 エレクトロニクスソサイエティ集積回路研究専門委員会 (ICD)第７回アクセラレーション技術発表討論会. 2015年4月9日(木)〜4月10日(金). 浜松 (招待講演)

  • Itoshi NIKAIDO. Quartz-Seq: An extremely reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method and data analysis techniques. RIKEN Single-Cell Workshop, 16-17 Feb. 2014, Yokohama, Japan. (Invited Talk)

  • Itoshi NIKAIDO. Estimation of transcriptional activity from ChIP-Seq and transcriptome. Computational Science in Epigenetics. 13-14 Feb. 2014. Kobe. Japan. (Invited Talk)

  • 二階堂愛. 細胞集団の不均質性を高精度計測するRNAシーケンス技術. PDIS最先端セミナー. 創薬につなぐ日本の創薬基盤技術 ー構造生物学とゲノム科学の最前線はここまで来たー 2015/02/04. 東京. (招待講演)

  • 二階堂愛. iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速に測定する技術の開発. 再生医療実現拠点ネットワークプログラム 平成26年度公開シンポジウム (一般向けポスター発表). 2015/01/21. 東京.

  • Yohei Sasagawa, Tetsutaro Hayashi, Masashi Ebisawa and Itoshi Nikaido. Single-cell RNA sequencing methods 〜Quartz-Seq and next technology〜 Expanding Frontiers of genome Science II, International Symposium on Genome Science 2015 (Invited talk).

• 2014

  • Itoshi NIKAIDO. Quartz-Seq: An extremely reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method. 2nd UK-JAPAN Workshop on Neural Epigenetics. “Epigenetics and transcription in the brain: toward single cell analysis”. London UK. 15-17 December 2014 (Invited talk)

  • 二階堂愛. 胚・細胞の品質管理に向けた高精度1細胞RNA-Seq法の開発. シンポジウム「ゲノムからみた遺伝育種と生命進化」. 日本動物遺伝育種学会第15回年次大会. 理化学研究所和光キャンパス. 2014/10/31 (招待講演)

  • 二階堂愛. State-of-the-art technology of single-cell transcriptome sequencing. 細胞計測、細胞シミュレーション、そしてゲノム人工合成の革新的融合. 第87回日本生化学会大会. 京都. 2014/10/15 (招待講演)

  • Itoshi NIKAIDO. The Art of Single-Cell DNA Sequencing. RIMD Seminar: Cherry-picking of microarray and NGS data. The Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University. Osaka. 2014/04/11 (Invited)

  • 二階堂愛. R/Bioconductorによるデータ解析パッケージの開発. 第18回オープンバイオ研究会. 北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST). 2014/03/21 (口頭発表)

  • 二階堂愛. 再現性のあるシーケンスデータ解析環境構築のためのBioDevOps. 第54回人工知能学会分子生物情報研究会 (SIG-MBI). 北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST). 2014/03/21 (口頭発表)

• 2013

  • 二階堂愛. 1細胞オミックスで再生医療の有効性・安全性を飛躍的に高める技術の開発. 第27回理化学研究所と産業界の交流会. 東京. 2013/02/13 (市民向け. ポスター発表)

  • 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて. 第36回分子生物学会年会. ワークショップ. 幹細胞の分化制御機構から疾患メカニズムへ ~生理・病態機能の試験管内再現に向けて~. 2013/12/05. 神戸 (招待講演)

  • 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqから細胞状態のゆらぎを定量する. 第6回定量生物の会. 東京大学生産技術研究所. 2013/11/23-24 (ポスター発表)

  • 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqから細胞のゆらぎを理解する. NGS現場の会 第3回研究会. 2013/09/04-5. 神戸. (基調講演)

  • 二階堂愛. リズムを消した先に見える細胞のゆらぎとは? 生物リズム若手の会. 河口湖. 2013/08/27 (招待講演)

  • 二階堂愛. iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速に測定する技術の開発. 再生医療実現拠点ネットワークプログラムキックオフシンポジウム. 東京国際フォーラム. 2013/08/26 (市民向け. ポスター発表)

  • Gota Morota, Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido. MeSHR: R/Bioconductor package for finding statistically overrepresented MeSH terms in a set of genes. Annual Bioconductor Conference BioC 2013. July 18-19, Seattle, WA, US (Poster)

  • 二階堂愛. 笹川洋平. 0.1 pg の mRNA をシーケンスする高精度なRNA-Seq法: Quartz-Seq. イルミナウェビナー. イルミナ. 東京. 2013/06/14 (招待講演) (動画). (Quartz-Seq講義資料)

  • 二階堂愛. ChIP-seq の統計的モデリングで転写制御ネットワークの変化を捉える. Quantitative Omics Workshop. Osaka, OLABB. 2013/1/22 (招待講演)

• 2012

  • Itoshi NIKAIDO.  The 35th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. Fukuoka. 2012/12/13 (Oral presentation)

  • 二階堂愛. 定量生物学とオミックス解析の接点. 第5回定量生物の会. 東京大学生産技術研究所. 2012/11/23 (招待講演)

  • 二階堂愛. 「生命の謎を解くことができるオミックス・バイオインフォマティクス研究とは」. NGS現場の会・オープンバイオ研究会・生命情報科学若手の会・定量生物学の会 ４会合同シンポジウム「これからの生命科学を考える」東京.  2012/10/16-17 (招待講演)

  • 二階堂愛. 分化に伴う転写ネットワークの再配線を読み解く. 次世代シーケンシングが切り開く医学研究と展望. 京都大学. iPS細胞研究所. 2012/07/31 (招待講演)

  • 二階堂愛. オミックスデータからいかに知識を抽出し証明するか – 統計的・物理化学的モデリングとゲノム設計. NGS現場の会. 大阪. 2012/05/25 (口頭発表、パネラー)

  • Itoshi NIKAIDO. Statistical modeling of the rewiring of transcriptional network with differentiation from quantitative omics data. The 4th Japanese society for quantitative biology, Nagoya, Japan. 2012/01/7-8. (Poster presentation)

• 2011

  • Itoshi NIKAIDO et. al. Revealing the rewiring of transcriptional network with differentiation from embryonic stem cell to trophoblast stem cell by using ChIP-seq profiles and transcriptome data. The 34th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. Yokohama, Japan. 2011/12/14. (Poster presentation)

  • 二階堂愛. いつも側にいるコラボレータGoogle+を使った共同研究の進め方. 第34回分子生物学会年会 フォーラム  もし分子生物学者が Google+ の招待を受けたら. 2011/12/15. (口頭発表), (講演スライド、音声)

  • 二階堂愛. 統計モデルによるChIP-seq, Transcriptome データからの転写因子ネットワーク再配線の予測. イルミナーセミナー. 京都. 2011/07/11 (招待講演)

  • Itoshi NIKAIDO. Statistical integration of Omics-data. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. Cambridge, UK. 2011/07/07 (Oral presentation)

  • Itoshi NIKAIDO. The art of single cell transcriptome data anlaysis. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. Cambridge, UK. 2011/07/07 (Poster presentation)

  • Itoshi NIKAIDO. Quantification of the rewiring of transcriptional network with differentiation from ES cell toTS cell by using ChIP-seq and Gene Expression profiles. NGS現場の会 第1回研究会. Atami, Japan 2011/05/28-29. (Oral presentation)

  • Itoshi NIKAIDO. Novel informatics method for extracting cell state and defined factors with noisy single-cell gene expression data. The 5th International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis. The University of Tokyo, March 3-4th 2011 (Poster presentation)

  • 二階堂愛. ChiP-seq による細胞分化に伴う転写制御ネットワーク再構成の定量. 第46回人工知能学会 分子生物情報研究会. 2011/03/25 (Oral presentation)

  • 二階堂愛. KNOB のこれまでと Cloud 化の展望. オープンバイオ研究会. 2011/03/25 (Oral presentation)

• -2010

  • 二階堂愛. 次世代シーケンサーによる細胞分化に伴う転写制御ネットワーク再構成の包括的かつ定量的な測定. 定量生物学の会 第三回年会. 2010/11/28 (口頭発表)

  • 二階堂愛. 遺伝子発現とChIP-seqデータの統合による転写制御ネットワークの同定. ワークショップ：1W20-p 新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか：統合データベースプロジェクトからの提案. 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会. 2010/12/07 (口頭発表)

  • Itoshi NIKAIDO. Inferring the rewiring of transcriptional regulatory network in TSC differentiation by ChIP-seq profile. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. 2010/07/05 (Oral presentation)

  • Itoshi NIKAIDO. Prediction of the cell-ratio control network on single cell transcriptome data. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. 2010/07/06 (Poster presentation)

  • Itoshi NIKAIDO, Ken Yagi, Hidemasa Bono and Yasushi Okazaki, Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism. 17-20, Mar, 2005. Systems Biology: Global Regulation of Gene. Cold Spring Harbor, NY, USA. (Poster presentation)

  • Nikaido I. et. al. Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism. 2005. 4th Annual Meeting of the Complex Trait Consortium, Groningen. (Poster presentation)

  • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: Development of genome-scale oligonucleotide microarray system for the detection of binding sites of transcription factors. 2005/04/18-21. HGM2005 (HUGO's 10th Human Genome Meeting) Kyoto, Japan

  • 二階堂愛 et. al. 肝臓トランスクリプトームと血清脂質マーカーの情報を統合した連鎖解析による疾患遺伝子の発見. 2005. 第28回分子生物学会年会. 福岡. 日本. (Poster presentation)

  • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: ChIP on chip assay for PPARγ-regulated genes in macrophage. （和名：マクロファージにおけるPPARγ結合領域同定を目的としたChIP on chip解析）2005. 第28回分子生物学会年会. 福岡. 日本.

  • 二階堂愛.  細胞が脂肪をためるとき何が起きているのか? インジェヌイティーパスウェイアナリシスを利用したマイクロアレイ解析. 2005. 9月29日. Ingenuityユーザーミーティング2005. 筑波. (招待講演)

  • 二階堂愛. KNOBが開くバイオインフォマティクスの扉. 2005/03 第３回 人工知能学会 生命知識研究会. 石川県能美市. (口頭発表)

  • 二階堂愛. バイオ向けのLinuxディストリビューション: Knoppix for Bio. 2005. Linux World Expo. Japan. (口頭発表)

  • 二階堂愛. KNOBが開くバイオインフォマティクスとWeb service. 2005. IPAB. Japan (口頭発表)

  • Nikaido I., Minowa M., Yagi K., Sakuraba Y., Bono H., Gondo Y., Noda T., Shiroishi T., Hayashizaki Y., Okazaki Y.: Genome-wide linkage analysis of liver transcriptome and serum lipid content. 2004. 27th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan（和名：第27回日本分子生物学会年会）Kobe, Japan(12/8-11)

  • 二階堂愛. Knoppix for Bio の紹介. 2004. 第0回 オープンバイオ研究会. 神奈川県横浜市. (口頭発表)

  • 二階堂愛 et. al. マイクロアレイと比較ゲノム解析による脂肪細胞への脂肪蓄積減少に関わる遺伝子の探索. 2004. 日本肥満学会. (ポスター発表)

  • 二階堂愛. マイクロアレイとポジショナルキャンディデート法の統合による疾患遺伝子の発見. 2004. バイオインフォマティクスセミナー. 千葉県木更津市. かずさDNA研究所. (口頭発表)

  • 二階堂愛. インジェヌイティーパスウェイアナリシスをもちいたゲノムネットワークの包括的解析. 2004. 東京都品川. 疾患グライコプロテオミクス. (招待講演)

  • Nikaido I.''', Hayashizaki Y. and Okazaki Y. Integrated database for finding novel imprinted genes. 2003. 日本分子生物学会年会. 

  • 二階堂愛. One CD bootable Linux によるバイオインフォマティックス解析環境- Knoppix for Bio の紹介. 2003. Infobiologist, Bioinformatics-jp 合同セミナー. (口頭発表)

  • Nikaido I., Saito C., Mizuno Y., Meguro M., Oshimura M., Yamanaka I., Kiyosawa H., Bono H., Hayashizaki Y. and Okazaki Y. Discovery of the novel imprinted genes from huge transcriptome using RIKEN cDNA microarray and bioinformatics approach. 2002. 日本分子生物学会年会. 神奈川県横浜市

  • Nikaido I. DASで結ぶ Genome annotatio と Functional annotation. 2002. Infobiologist. 静岡県三島市, 国立遺伝学研究所. (口頭発表)

  • Nikaido I. and Kasukawa T. Sequence quality database for FANTOM. 2002. FANTOM2 Cherry Blossum Meeting, Yokohama, Kanagawa, Japan. (Oral presentation)

  • Nikaido I., Saito T., Bono H. and Okazaki Y. New imprinted genes in MATRICS. 2002. FANTOM2 Cherry Blossum Meeting, Yokohama, Kanagawa, Japan.

  • Itoshi NIKAIDO, Erika ASAMIZU, Maiko NAKAJIMA, Yasukazu NAKAMURA, Naotsune SAGA and Satoshi TABATA. Expressed sequence tags of a marine red alga Porphyra yezoensis. The International Marine Biotechnology Conference 2000. 3 Oct 2000, Townsville, QLD, Australia. (Oral presentation)

  • Nikaido I. 機能アノテーションがどのように実験生物に役立つか. ゲノム情報解析技術チュートリアル. 2001. 千葉県木更津市、かずさDNA研究所

  • Nikaido, I., Iizuka, O. and Saga N. 異型世代交代の制御機構解明を見据えたスサビノリEST解析プロジェクト． 日本アクアゲノム研究会 第５回シンポジウム 2001年4月1日

Books & 和文総説

• 代表的な著書・翻訳

  • R言語上級ハンドブック

  • オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

  • RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (翻訳)

  • バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版 (翻訳)

• 詳細

  • 2020

    • 二階堂愛. シングルセルトランスクリプトーム. シングルセル解析でなにがわかるか. 化学同人. 2020/07/20

    • 二階堂愛. THE COMMENTARY: Quartz-Seq2: ヒト細胞アトラス時代の高精度1細胞RNAシーケンス法. 再生医療2020年5月号（Vol.19 No.2）. メディカルレビュー社. 2020年6月1日.

  • 2019

    • 二階堂愛. 進歩を続ける1細胞トランスクリプトーム計測法. 実験医学増刊 Vol.37 No.20: シングルセルゲノミクス 組織の機能、病態が1細胞レベルで見えてきた！ 2019年12月10日.

    • 二階堂愛. シングルセルゲノム情報解析の基盤技術. 実験医学増刊 Vol.37 No.20: シングルセルゲノミクス 組織の機能、病態が1細胞レベルで見えてきた！ 2019年12月10日.

    • 佐藤建太, 二階堂愛. 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合. 実験医学別冊RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ. 羊土社. 2019年11月29日

    • 二階堂愛. ゲノム科学研究とそのデータ解析の再現性. 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第35号. 2019/04/25.

    • 二階堂愛. オルガノイドの1細胞トランスクリプトーム解析―ハイスループット化から系譜・空間発現まで. 実験医学別冊 決定版 オルガノイド実験スタンダード 開発者直伝！ 珠玉のプロトコール集. 佐藤俊朗，武部貴則，永樂元次／編. 羊土社. 2019年03月26日.

    • 笹川洋平, 二階堂愛. 1細胞RNAシーケンス法を支えるバーコード配列技術とcDNA分子変換技術. バイオイノベーションに向けて～バイオテクノロジーの新技術からの新しい視点～. シーエムシー出版. 2019年3月25日.

  • 2018

    • 二階堂愛. DNAシーケンスと定量生物学. 定量生物学 生命現象を定量的に理解するために. 化学同人. 2018年8月.

    • 二階堂愛. New Technology  1細胞トランスクリプトーム技術の最先端. Medical Science Digest. 2018年 1月号.

  • 2017

    • 二階堂愛. 1細胞オミックス計測技術. リキッドバイオプシー. シーエムシー出版. 159-164. 2017年8月31日.

    • 團野宏樹, 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトーム解析の高出力化と自動化. 生体の科学. 68(2) 178-184. 2017.

  • 2016

    • 林 哲太郎, 二階堂 愛. １細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術 １細胞遺伝子発現解析の観点から. 新版フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる！  2016年9月1日. 羊土社.

    • 林 哲太郎, 二階堂 愛. フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際. 新版フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる！ 2016年9月1日. 

    • 二階堂愛, 1つの細胞に含まれるmRNAの高精度計測. 生物物理

  • 2015

    • 二階堂愛, 1細胞からのlncRNAの網羅的計測. 実験医学増刊. ノンコーディングRNAテキストブック. 2015年10月. 羊土社.

    • 露崎弘毅, 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqのヒートマップによる可視化と相互情報量による発現分布差解析 (R+biomaRt+reshap2+ggplot2+entory). 次世代シークエンサーDRY解析教本. 2015年10月. 秀潤社. 

    • 二階堂愛, iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速計測する技術の開発. 再生医療 ー新たな医療を求めてー. 2015. 日本臨牀社

    • 二階堂愛, 笹川洋平. 網羅的な1細胞遺伝子発現計測とデータ解析手法の現状と将来. 2015年1月. 実験医学. 羊土社.

  • 2014

    • 二階堂愛 (編). 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社. 2014

      • 二階堂愛. RとBioconductorでChIP-seqデータを解析する.

      • 笹川洋平. 二階堂愛. 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる

      • 團野宏樹. 笹川洋平. 二階堂愛. メチル化結合タンパク質でDNAメチル化を定量する.

    • 荒引健, 石田基広, 高橋康介, 林真広, 二階堂愛. R言語上級ハンドブック. シーアンドアール研究所

  • 2013

    • 笹川洋平. 二階堂愛. 上田泰己. １細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開.. ゲノム医学・生命科学研究 総集編. ポストゲノムの10年は何をもたらしたか. 榊佳之，菅野純夫，辻省次，服部正平／編. 実験医学増刊 Vol.31 No.15. 2013

    • 二階堂愛. 次世代シーケンサーのその先に -シーケンス技術の現在と未来を考える-  細胞工学. Vol. 32 No.8. 2013

    • 二階堂愛. NGSによる転写制御ネットワークのモデリング. 定量的生命科学の最前線 ～生命現象の何を量り，そこから何が見えるのか？～.  実験医学. 2013年5月号（Vol.31 No.8). 2013

  • -2011

    • 二階堂愛: オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス (1, 2, 4章, 付録A, B). Open Bio Japan編, 東京電機大学出版局. 2008.

    • 二階堂愛: 医学・生物学研究のための検索エンジン活用. バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法, 改訂第2版. 羊土社. 2007.

    • 二階堂愛: 知識ベースを利用した分子間相互作用 - IPAの利用法. 分子間相互作用解析ハンドブック. 羊土社. 2007.

    • RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor), pp. 55-79, Springer Japan, 2007.

      • Itoshi Nikaido: 第4章 2色蛍光スポット型アレイの前処理 (Chapter 4: Preprocessing Two-Color Spotted Arrays)

      • Itoshi Nikaido: 第5章 セルベースアッセイ (Chapter 5: Cell-Based Assays), RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor), pp. 81-105, Springer Japan, 2007. 

    • 二階堂愛. 統計解析環境Rのゲノム解析向けライブラリ集 Bioconductor. 人工知能学会誌. vol.22 no.1 (2007年1月)

    • 二階堂愛. バイオインフォマティクスの扉を開き、裾野を広げるKNOB. 特集:バイオインフォマティクスの親潮流, 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター 第12号. Feb. 2006.

    • 二階堂愛. 遺伝学とマイクロアレイの統合による疾患遺伝子の発見. ゲノム情報はこう活かせ！比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する. 岡崎康司、坊農秀雅 編集 羊土社 ISBN 4-89706-485-6. 2005

    • 二階堂愛. 第2章. 配列の収集と蓄積. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版. 岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル. ISBN4-89592-426-2. (原著 "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2nd edition" by David W. Mount Cold Spring Harbor Laboratory Press) 2005. 

    • 二階堂愛. ゲノムネットワーク時代を生き抜くためのシグナルパスウェイと遺伝子ネットワークの知識ベース.  2005. テクノトレンド. Bioテクノロジージャーナル. 1-2月号.  羊土社. 

    • 二階堂愛. ゲノム医学研究のためのインターネットリソース. ゲノムと疾患. 村松正實 監修 南山堂 ISBN 4-52513-051-2. 2004

    • 坊農秀雅、八木研、仲地豊、二階堂愛、岡崎康司 脂肪・骨芽細胞分化ネットワークのクロストークと冗長性の解明. 2004

    • 二階堂愛. 配列の取扱い.  EMBOSSを用いた配列解析への手引き. JAMBO JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator's Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)

    • 二階堂愛. EMBOSSを用いた配列解析への手引き. JAMBO JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator's Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)

    • 二階堂愛. EMBOSSのインストール. EMBOSS管理者の手引き. JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator's Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)

    • 二階堂愛. 第2章. 配列の収集と蓄積. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ. 岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル ISBN4-89592-307-X. (原著 "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis" by David W. Mount Cold Spring Harbor Laboratory Press)

Research Grants

• 2018-2022: AMED 再生医療実現拠点ネットワークプログラム (技術開発個別課題) 「超多検体オミクスによる細胞特性の計測」(代表)

• 2016-2022: JST 戦略的創造研究推進事業. 臓器・組織内未知細胞の命運・機能の1細胞オミクス同時計測. (代表)

• 2014-2016: MEXT 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業 解析拠点 機能ゲノミクスB 超微量RNAシーケンス技術の支援と高度化 (代表)

• 2013-2015: JSPS KAKENHI Grant, Grant-in-Aid for Young Scientists (B) (代表)

• 2013-2017: JST Projects for Technological Development, Research Center Network for Realization of Regenerative Medicine. (代表)

Patents

• Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido. METHOD FOR NUCLEIC ACID AMPLIFICATION, WO2016052619A1. 2016.

• 林哲太郎、笹川洋平、海老澤昌史、芳村美佳、二階堂愛、吉崎悟朗、岩崎佳子、林誠魚類精原幹細胞マーカー. 東京海洋大学・筑波大学. 日本. 特願2016-60914. 2016/03/25

• 骨芽細胞分化促進剤及び抑制剤並びに骨形成促進剤、骨粗鬆症の治療薬、抗肥満薬及びスクリーニング方法. 特開2010-030956. 2010

Software and Database

• Massively parallel sequencing

  • chipgps (a parser for files of GPS (Genome Positioning System) in Ruby, RubyGems)

  • QuGAcomp (R package for quantitative comparison of differential ChIP-seq data)

  • metaSeq: Meta-analysis of RNA-Seq count data in multiple studies (working with Mr. KokiTsuyuzaki)

• Biological Database and API

  • Single-Cell RNA-Seq Database

  • GeneSearchR, Full-text search in NCBI RefSeq and/or UniProt-KB on R

  • BrainStars, Integrated transcirptome database of 50 brain regions (working with Dr. Takeya Kasukawa)

    • R client for BrainStars API (Bioconductor)

  • EICO DB, Imprineted Genes Database

  • FANTOM2 database, Database for Functional Annotation of Mouse (working with Dr. Takeya Kasukawa)

• Contribution for open source activity 

  • BioRuby

    • Bio::siRNA (BioRuby)

  • R/Bioconductor

    • bioconductor.jp (a mirror of bioconductor package repository in Japan)

    • Bioconductor Code Search (Full source code search engine for Bioconductor package developers)

  • Linux

    • Knoppix for Bio (KNOB), Project Leader

    • Bayes Linux, Project Leader

Media/PR

2020

• Facilitating collaboration on a global scale. AMED 2020/11/09.

• 精神疾患に神経細胞のアンバランスな運命付けが関連－iPS細胞由来脳オルガノイドの研究から－. 理研プレスリリース. 2020年8月7日

• Best of the Bunch. RIKEN Research Mag. Summer 2020. 2020/07/08.

• 筑波大学大学院シス情在学生インタビュー企画 Vol.5: 一久 和弘さん（ライフイノベーション（生物情報）学位プログラム）. 2020/07/08

• 突発的遺伝子発現動態を網羅的に決定. 理研プレスリリース. 2020年6月18日

• 免疫応答遺伝子の発現多様性を明らかに. 理研プレスリリース. 2020年6月3日 

• 1細胞RNA解析で世界最高成績－国際的な性能比較研究で証明－. 理研プレスリリース. 2020年4月7日

• 見逃されていた細胞ごとのばらつきを可視化するソフトウェアを開発. 理研プレスリリース. 2020年3月3日

• 大規模データに対する主成分分析の性能を評価. 理研プレスリリース. 2020年2月25日

• （科学の扉）人体、１細胞ずつ解析　機能調べる国際計画、「成り立ち」の謎迫る. 朝日新聞. 2020/02/24.

2019

• 1細胞RNA解析キットが製品化. ゲノム医療への貢献に期待. 理研ニュース. 2019/12/05

• 1細胞 RNA解析キットの商用化へ. 理研プレスリリース. 2019年9月17日

• 理研の技術を活用し製品化. ゲノム医療の発展に貢献するRNA解析キットを販売. 東洋紡プレスリリース. 2019/09/17.

• 高速検索エンジン「CellFishing.jl」を開発－大規模1細胞データベースから類似細胞を瞬時に検出する手法－. 理研プレスリリース. 2019/02/25

2018

• New single-cell RNA sequencing methods could lead to better regenerative therapies. Research Highlights, RIKEN Research. 2018/05/11

• シングルセル解析の新たな計測技術を開発. Nature ダイジェスト Vol. 15 No. 5 | doi : 10.1038/ndigest.2018.180522

• 数千個の1細胞からRNA量と種類を正確に計測 －細胞機能を網羅的・高精度・低コストに同定可能に－.  理研プレスリリース. 2018/03/12.

• Researchers successfully sequence total RNA of single cells. RIKEN Press Release. 2018/03/06.

• 1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測 －1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発に成功－. 理研プレスリリース. 2018/02/14.

2017

• 「Slack」や「Qiita:Team」を理化学研究所が導入したら、チームがぐっと良くなった話. HRナビ by リクルート. 2017/09/07.

• 研究開発クラウドの衝撃 - 1クリックでビッグデータ解析環境を展開できるクラウドでオープンイノベーションを加速 - 日経ビジネスオンライン. 2017/08/22.

• 国際競争の激しいゲノム研究に新たな活力を。オープンソース × Microsoft Azure 活用で、先進のデータ解析環境をより多くの大学・研究機関へ提供. Microsoft for Business. 2017/05/12.

-2016

• インタビュー『“未来”の担い手たち』世界最高精度の測定手法で移植細胞の有効性／安全性の判定を目指す（1）-全2回- 二階堂愛. iPS Trend JST. 2015/02/03

• 60秒でわかる？ 細胞1個のすべてのｍRNAを解析し、細胞の個性を知る. YouTube. 2015.

• 「細胞1個のすべてのmRNAを解析し、細胞の個性を知る」RIKEN NEWS 2015/1号

• Researchers Present Streamlined Poly-A Tailing-based Strategy for Single-cell RNA-sequencing.GenomeWeb In Sequence. May 07, 2013

• Linking theory and experiment with bioinformatics. RIKEN Research Vol.8 9, Sep 2013

  • Linking theory and experiment with bioinformatics. RIKEN Research Vol.8 9, Sep 2013 (PDF)

• Perusing the cellular library, RIKEN Research Vol.8 9, Sep 2013

• 細胞1個の遺伝子発現を網羅的に定量化する「Quartz-Seq法」を開発 －細胞集団に潜む細胞のゆらぎの解明へ－

• 理研、細胞1個の遺伝子発現を網羅的に定量化できる新技術を開発

• 「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」の出版を支援～書籍に添付されるLiveCD/DVD Linux「KNOPPIX for BIO」の制作に協力～ 2008.

Committee

• 2013-2018: 理化学研究所 バイオインフォマティクス検討委員会・委員

• 2014-現在: 理化学研究所 情報システム・セキュリティ検討委員会・委員

• 2017-2018: Local Scientific Committee, Human Genome Organization (HUGO)  

• 2017-現在: 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会・委員

• 2017: 第91回日本生化学会大会プログラム委員会・委員

• 2017: 第41回分子生物学会年会 ポスター編成委員会・委員

• 2018-現在: 科学技術振興機構 CREST・さきがけ複合研究領域 ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出・領域アドバイザー

• 2018-現在: 理化学研究所 ICT基盤整備・サービス連携委員会研究環境部会・部会員

• 2018-2019: 第42回分子生物学会年会 プログラム委員会・委員

• 2019: 国立遺伝学研究所DNAデータ研究利用委員会・委員

Academic community

• 2014-現在: 会員. 日本再生医療学会

• 2011-2013: コファウンダー・オーガナイザー. 次世代シーケンサー現場の会 (会員総数約1,000人, 2013年大会長)

• 2009-現在: コアメンバー. 定量生物の会.

• 2004-現在: コファンダー・オーガナイザー. オープンバイオ研究会.

• 2002-現在: 会員. 日本分子生物学会.

• 2001-現在: オーガナイザー. bioinformatics-jp (日本最大のバイオインフォマティクス研究者コミュニティメーリングリスト)