CV

Itoshi NIKAIDO, Ph.D. (Bioinformatics)

二階堂 愛  
Unit Leader

Skills

Programming

  • Ruby
  • R
  • Matlab
  • C++
  • Python

Bioinformatics

  • Data analysis of Next generation sequencer, (ChIP-seq, RNA-seq)
  • Microarray analysis
  • Statistics
  • Machine learning
  • High throughput computing (Sun Grid Engine)

Software and Database

Source code repositories
Community
  • 2009-2013 NGS Field (Core member from 2009-2013, Organizer at 2012-2013)
  • 2008- q-bio.jp (Core member)
  • 2004.12- Open-bio.jp (Organizer, founder)

Education

  • Apr. 2001 – Mar. 2004 Doctor’s Degree Course Division of Genome Information Resources, Science of Biological Supramolecular Systems, Graduate School of Integrated Science, Yokohama City University
  • Apr. 1999 – Mar. 2001 Master’s Degree Course Graduate School of Marine Science and Technology, Tokai University
  • Apr. 1995 – Mar. 1999 Undergraduate student Department of Marine Science and Technology, Tokai University

Employment

  • Apr. 2013 - Present: Unit Leader, Bioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and Communication, RIKEN, Japan.
  • Jun. 2006 – Mar. 2013: Researcher, Functional genomics unit, Center for Developmental Biology, RIKEN Kobe Institute
  • Jun. 2006 – Mar. 2007: Visiting  instructor, Division of Functional Genomics & Systems Medicine, Research Center for Genomic Medicine, Saitama Medical School
  • Apr. 2004 – May. 2006: Research fellow Division of Functional Genomics & Systems Medicine, Research Center for Genomic Medicine, Saitama Medical School
  • Apr. 2004 – May. 2006: Cooperative research fellow, Genome Exploration Research Group, Genomic Sciences Center, RIKEN Yokohama Institute
  • Apr. 2003 – Mar. 2004: Intern, Division of Functional Genomics & Systems Medicine, Research Center for Genomic Medicine, Saitama Medical School
  • Apr. 2001 – Mar. 2004: Intern, Genome Exploration Research Group, Genomic Sciences Center, RIKEN Yokohama Institute
  • Apr. 1998 – Mar. 2001: Intern, TOKAI University, Center for Advanced Technology (TCAT)
  • Apr. 1998 – Mar. 2001: Collaborate researcher, Kasusa DNA Research Institute
Teaching experience
  • Apr. 2016 - Present: Part-time Lecturer. Kumamoto University.
  • Oct. 2014 - Present: Visiting Associate Professor, Graduate School of Science, Toho University, Japan.

Publications

  1. Matsumoto H, Kiryu H, Furusawa C, Ko MSH, Ko SBH, Gouda N, Hayashi T, Nikaido I. SCODE: An efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation. 2016. (submitted). 
  2. G. Morota, F. Peñagaricano, J. L. Petersen, D. C. Ciobanu, K. Tsuyuzaki and I. Nikaido. An application of MeSH enrichment analysis in livestock. Animal Genetics. 2015, Aug;46(4):381-7.
  3. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi NikaidoMeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis, BMC Bioinformatics. 2015, Feb. 16:45.
  4. Kenjiro Adachi*, Itoshi Nikaido*, Hiroshi Ohta, Satoshi Ohtsuka, Hiroki Ura, Teruhiko Wakayama, Hiroki R. Ueda & Hitoshi Niwa. Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells. Molecular Cell. 2013. (*Equally contributions)
  5. Sasagawa Y*, Nikaido I*, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T and Ueda HR. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity. Genome Biology 14:R31. 2013 (*Equally contributions)
  6. Yoshimoto N, Kida A, Xu J, Kurokawa M, Iijima M, Niimi T, Maturana AD, Nikaido I, Ueda HR, Tatematsu K, Tanizawa K, Kondo A, Fujii I & Kuroda S. An automated system for high-throughput single cell-based breeding. Scientific Reports 3, Article number: 1191. 2013.
  7. Okamura-Oho Y, Shimokawa K, Takemoto S, Hirakiyama A, Nakamura S, Tsujimura Y, Nishimura M, Kasukawa T, Masumoto K, Nikaido I, Shigeyoshi Y, Ueda HR, Song G, Gee J, Himeno R, Yokota H.  Transcriptome Tomography for Brain Analysis in the Web-Accessible Anatomical Space. PLoS ONE 7(9): e45373. 2012
  8. Kasukawa T*, Masumoto KH*, Nikaido I*, Nagano M, Uno KD, Tsujino K, Hanashima C, Shigeyoshi Y, Ueda HR. Quantitative expression profile of distinct functional regions in the adult mouse brain. PLoS One. 2011;6(8):e23228. Epub 2011 Aug 12. (*Equally contributions)
  9. Tokuzawa Y, Yagi K, Yamashita Y, Nakachi Y, Nikaido I, Bono H, Ninomiya Y, Kanesaki-Yatsuka Y, Akita M, Motegi H, Wakana S, Noda T, Sablitzky F, Arai S, Kurokawa R, Fukuda T, Katagiri T, Schönbach C, Suda T, Mizuno Y, Okazaki Y. Id4, a new candidate gene for senile osteoporosis, acts as a molecular switch promoting osteoblast differentiation. PLoS Genet. 2010 Jul 8;6(7):e1001019.
  10. Suzuki K, Ohbayashi F, Nikaido I, Okuda A, Takaki H, Okazaki Y, Mitani K. Integration of exogenous DNA into mouse embryonic stem cell chromosomes shows preference into genes and frequent modification at junctions. Chromosome Res. 2010 Feb;18(2):191-201. Epub 2010 Feb 23.
  11. Nakachi Y, Yagi K, Nikaido I, Bono H, Tonouchi M, Schönbach C, Okazaki Y. Identification of novel PPARgamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation. Biochem Biophys Res Commun. 2008 Jul 25;372(2):362-6. Epub 2008 May 19.
  12. Nikaido I, Saito C, Wakamoto A, Tomaru Y, Arakawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y. EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32:D548-51.
  13. Nikaido I, Saito C, Mizuno Y, Meguro M, Bono H, Kadomura M, Kono T, Morris GA, Lyons PA, Oshimura M, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1402-9.
  14. Kasukawa T, Furuno M, Nikaido I, Bono H, Hume DA, Bult C, Hill DP, Baldarelli R, Gough J, Kanapin A, Matsuda H, Schriml LM, Hayashizaki Y, Okazaki Y, Quackenbush J. Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1542-51. 
  15. Bono H, Nikaido I, Kasukawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1345-9.
  16. Bono H, Yagi K, Kasukawa T, Nikaido I, Tominaga N, Miki R, Mizuno Y, Tomaru Y, Goto H, Nitanda H, Shimizu D, Makino H, Morita T, Fujiyama J, Sakai T, Shimoji T, Hume DA, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1318-23.
  17. Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, Adachi J, Bono H, Kondo S, Nikaido I, Osato N, Saito R, Suzuki H, Yamanaka I, Kiyosawa H, Yagi K, Tomaru Y, Hasegawa Y, Nogami A, Schönbach C, Gojobori T, Baldarelli R, Hill DP, Bult C, Hume DA, Quackenbush J, Schriml LM, Kanapin A, Matsuda H, Batalov S, Beisel KW, Blake JA, Bradt D, Brusic V, Chothia C, Corbani LE, Cousins S, Dalla E, Dragani TA, Fletcher CF, Forrest A, Frazer KS, Gaasterland T, Gariboldi M, Gissi C, Godzik A, Gough J, Grimmond S, Gustincich S, Hirokawa N, Jackson IJ, Jarvis ED, Kanai A, Kawaji H, Kawasawa Y, Kedzierski RM, King BL, Konagaya A, Kurochkin IV, Lee Y, Lenhard B, Lyons PA, Maglott DR, Maltais L, Marchionni L, McKenzie L, Miki H, Nagashima T, Numata K, Okido T, Pavan WJ, Pertea G, Pesole G, Petrovsky N, Pillai R, Pontius JU, Qi D, Ramachandran S, Ravasi T, Reed JC, Reed DJ, Reid J, Ring BZ, Ringwald M, Sandelin A, Schneider C, Semple CA, Setou M, Shimada K, Sultana R, Takenaka Y, Taylor MS, Teasdale RD, Tomita M, Verardo R, Wagner L, Wahlestedt C, Wang Y, Watanabe Y, Wells C, Wilming LG, Wynshaw-Boris A, Yanagisawa M, Yang I, Yang L, Yuan Z, Zavolan M, Zhu Y, Zimmer A, Carninci P, Hayatsu N, Hirozane-Kishikawa T, Konno H, Nakamura M, Sakazume N, Sato K, Shiraki T, Waki K, Kawai J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Miyazaki A, Sakai K, Sasaki D, Shibata K, Shinagawa A, Yasunishi A, Yoshino M, Waterston R, Lander ES, Rogers J, Birney E, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team. Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature. 2002 Dec 5;420(6915):563-73.
  18. Mizuno Y, Sotomaru Y, Katsuzawa Y, Kono T, Meguro M, Oshimura M, Kawai J, Tomaru Y, Kiyosawa H, Nikaido I, Amanuma H, Hayashizaki Y, Okazaki Y. Asb4, Ata3, and Dcn are novel imprinted genes identified by high-throughput screening using RIKEN cDNA microarray. Biochem Biophys Res Commun. 2002 Feb 8;290(5):1499-505.
  19. Kawai J, Shinagawa A, Shibata K, Yoshino M, Itoh M, Ishii Y, Arakawa T, Hara A, Fukunishi Y, Konno H, Adachi J, Fukuda S, Aizawa K, Izawa M, Nishi K, Kiyosawa H, Kondo S, Yamanaka I, Saito T, Okazaki Y, Gojobori T, Bono H, Kasukawa T, Saito R, Kadota K, Matsuda H, Ashburner M, Batalov S, Casavant T, Fleischmann W, Gaasterland T, Gissi C, King B, Kochiwa H, Kuehl P, Lewis S, Matsuo Y, Nikaido I, Pesole G, Quackenbush J, Schriml LM, Staubli F, Suzuki R, Tomita M, Wagner L, Washio T, Sakai K, Okido T, Furuno M, Aono H, Baldarelli R, Barsh G, Blake J, Boffelli D, Bojunga N, Carninci P, de Bonaldo MF, Brownstein MJ, Bult C, Fletcher C, Fujita M, Gariboldi M, Gustincich S, Hill D, Hofmann M, Hume DA, Kamiya M, Lee NH, Lyons P, Marchionni L, Mashima J, Mazzarelli J, Mombaerts P, Nordone P, Ring B, Ringwald M, Rodriguez I, Sakamoto N, Sasaki H, Sato K, Schönbach C, Seya T, Shibata Y, Storch KF, Suzuki H, Toyo-oka K, Wang KH, Weitz C, Whittaker C, Wilming L, Wynshaw-Boris A, Yoshida K, Hasegawa Y, Kawaji H, Kohtsuki S, Hayashizaki Y; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team and the FANTOM Consortium. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature. 2001 Feb 8;409(6821):685-90.
  20. Nikaido I, Asamizu E, Nakajima M, Nakamura Y, Saga N, Tabata S. Generation of 10,154 expressed sequence tags from a leafy gametophyte of a marine red alga, Porphyra yezoensis. DNA Res. 2000 Jun 30;7(3):223-7.

Conference and academic meeting

  • 2016
    • 二階堂愛. TBA.  第69回細胞生物学会大会. シンポジウム: 微量サンプルを用いたオミックス解析. 仙台. 2017年6月14日 (招待講演)
    • Itoshi NIKAIDO. Disassembling regionalization of neuroectoderm by single-cell transcriptome analysis. International Conference on Single Cell Research 2016. Tokyo. 16-17th November, 2016. (Invited)
    • Itoshi NIKAIDO. A highly quantitative single-cell transcriptome method for realization of effective regenerative medicine. 2nd Kumamoto IRCMS Symposium. Kumamoto. October 31 - November 2, 2016 (Invited)
    • 二階堂愛. Single-cell transcriptome analysis for realization of effective regenerative medicine. 第31回日本薬物動態学会. (Invited)
    • 二階堂愛. Biochemistry of singe-cell RNA-sequencing. ゲノム解析と生化学. 第89回日本生化学会大会. 2016/09/25-27. 仙台.
    • 二階堂愛. 移植細胞に含まれる亜集団を同定する1細胞RNA-seq法. SONYライフサイエンス学術セミナー. 東京. 2016年7月23日. (招待講演)
    • 林誠. 岩崎佳子. 海老澤昌史. 芳村美佳. 林哲太郎. 笹川洋平. 二階堂 愛. 吉崎悟朗. 1細胞RNA-seq を用いた魚類精原幹細胞マーカーの探索. 平成28年度日本水産学会春季大会. 東京. 日本. 2016/03/26-30
    • 二階堂愛. 亜集団特異的発現マーカーを1細胞・全遺伝子解像度で 探索するためのRNAシーケンス技術. シンポジウム「再生医療とOMICS」. 第15回日本再生医療学会総会 シンポジウム. Osaka. Japan. 2016/03/17-19. (招待講演)
    • 二階堂愛. BioDevOpsによる再現性のあるDNAシーケンス解析環境の構築. NPO並列生物情報処理イニシアティブシンポジウム. 2016/03/11. (招待講演)
    • 二階堂愛. 生命科学研究を加速するためのAIを計測と計算の融合から考える. 第2回 理研・産総研共同シンポジウム. Tokyo. Japan. 2016/02/03 (招待講演)
  • 2015
    • 二階堂愛. 超高精度1細胞RNA-seq法. マルチオミクス統合解析の新機軸. 第38回分子生物学会. 2015/12/02. 神戸. (招待講演)
    • Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi NikaidoMeSH ORA : R/Bioconductor packages for performing MeSH over-representation analysis in model and non-model organism. Oct 29-30. 2015. IIBMP2015 (JSBi2015). Kyoto. Japan (Poster)
    • Itoshi Nikaido, On the origin of cellular heterogeneity. QBiC Symposium 2015, August 24 – 26, 2015 (Invited)
    • Yoshitsugu Sakai, Shinoda Masataka, Deena Soni, Masashi Ebisawa, Hiroki Danno, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido. High throughput single cell gene expression analysis using SH800Z cell sorter. June 26-30. 2015. CYTO2015. UK. (Poster)
    • 1細胞遺伝子発現解析法 Quartz-Seq Next の開発と細胞不均質性評価. アジレントゲノミクスフォーラム. 2015/06/16. 東京 (招待講演)
    • 二階堂愛. 理研クラウドシステムとBioDevOpsによる再現性のあるシーケンスデータ解析 (仮). DDBJ講習会. 2015/06/12. 東京. (招待講演)
    • 二階堂愛. 安全で効果的な再生医療を社会に届ける次世代DNAシーケンス技術と計算. 電子情報通信学会 エレクトロニクスソサイエティ集積回路研究専門委員会 (ICD)第7回アクセラレーション技術発表討論会. 2015年4月9日(木)〜4月10日(金). 浜松 (招待講演)
    • Itoshi NIKAIDO. Quartz-Seq: An extremely reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method and data analysis techniques. RIKEN Single-Cell Workshop, 16-17 Feb. 2014, Yokohama, Japan. (Invited Talk)
    • Itoshi NIKAIDO. Estimation of transcriptional activity from ChIP-Seq and transcriptome. Computational Science in Epigenetics. 13-14 Feb. 2014. Kobe. Japan. (Invited Talk)
    • 二階堂愛. 細胞集団の不均質性を高精度計測するRNAシーケンス技術. PDIS最先端セミナー. 創薬につなぐ日本の創薬基盤技術 ー構造生物学とゲノム科学の最前線はここまで来たー 2015/02/04. 東京. (招待講演)
    • 二階堂愛. iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速に測定する技術の開発. 再生医療実現拠点ネットワークプログラム 平成26年度公開シンポジウム (一般向けポスター発表). 2015/01/21. 東京.
    • Yohei Sasagawa, Tetsutaro Hayashi, Masashi Ebisawa and Itoshi Nikaido. Single-cell RNA sequencing methods 〜Quartz-Seq and next technology〜 Expanding Frontiers of genome Science II, International Symposium on Genome Science 2015 (Invited talk).

  • 2014
    • Itoshi NIKAIDO. Quartz-Seq: An extremely reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method. 2nd UK-JAPAN Workshop on Neural Epigenetics. “Epigenetics and transcription in the brain: toward single cell analysis”. London UK. 15-17 December 2014 (Invited talk)
    • 二階堂愛. 胚・細胞の品質管理に向けた高精度1細胞RNA-Seq法の開発. シンポジウム「ゲノムからみた遺伝育種と生命進化」. 日本動物遺伝育種学会第15回年次大会. 理化学研究所和光キャンパス. 2014/10/31 (招待講演)
    • 二階堂愛. State-of-the-art technology of single-cell transcriptome sequencing. 細胞計測、細胞シミュレーション、そしてゲノム人工合成の革新的融合. 第87回日本生化学会大会. 京都. 2014/10/15 (招待講演)
    • Itoshi NIKAIDO. The Art of Single-Cell DNA Sequencing. RIMD Seminar: Cherry-picking of microarray and NGS data. The Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University. Osaka. 2014/04/11 (Invited)
    • 二階堂愛. R/Bioconductorによるデータ解析パッケージの開発. 第18回オープンバイオ研究会. 北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST). 2014/03/21 (口頭発表)
    • 二階堂愛. 再現性のあるシーケンスデータ解析環境構築のためのBioDevOps. 第54回人工知能学会分子生物情報研究会 (SIG-MBI). 北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST). 2014/03/21 (口頭発表)
  • 2013
    • 二階堂愛. 1細胞オミックスで再生医療の有効性・安全性を飛躍的に高める技術の開発. 第27回理化学研究所と産業界の交流会. 東京. 2013/02/13 (市民向け. ポスター発表)
    • 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて. 第36回分子生物学会年会. ワークショップ. 幹細胞の分化制御機構から疾患メカニズムへ ~生理・病態機能の試験管内再現に向けて~. 2013/12/05. 神戸 (招待講演)
    • 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqから細胞状態のゆらぎを定量する. 第6回定量生物の会. 東京大学生産技術研究所. 2013/11/23-24 (ポスター発表)
    • 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqから細胞のゆらぎを理解する. NGS現場の会 第3回研究会. 2013/09/04-5. 神戸. (基調講演)
    • 二階堂愛. リズムを消した先に見える細胞のゆらぎとは? 生物リズム若手の会. 河口湖. 2013/08/27 (招待講演)
    • 二階堂愛. iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速に測定する技術の開発. 再生医療実現拠点ネットワークプログラムキックオフシンポジウム. 東京国際フォーラム. 2013/08/26 (市民向け. ポスター発表)
    • Gota Morota, Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido. MeSHR: R/Bioconductor package for finding statistically overrepresented MeSH terms in a set of genes. Annual Bioconductor Conference BioC 2013. July 18-19, Seattle, WA, US (Poster)
    • 二階堂愛. 笹川洋平. 0.1 pg の mRNA をシーケンスする高精度なRNA-Seq法: Quartz-Seq. イルミナウェビナー. イルミナ. 東京. 2013/06/14 (招待講演) (動画). (Quartz-Seq講義資料)
    • 二階堂愛. ChIP-seq の統計的モデリングで転写制御ネットワークの変化を捉える. Quantitative Omics Workshop. Osaka, OLABB. 2013/1/22 (招待講演)
  • 2012
    • Itoshi NIKAIDO.  The 35th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. Fukuoka. 2012/12/13 (Oral presentation)
    • 二階堂愛. 定量生物学とオミックス解析の接点. 第5回定量生物の会. 東京大学生産技術研究所. 2012/11/23 (招待講演)
    • 二階堂愛. 「生命の謎を解くことができるオミックス・バイオインフォマティクス研究とは」. NGS現場の会・オープンバイオ研究会・生命情報科学若手の会・定量生物学の会 4会合同シンポジウム「これからの生命科学を考える」東京.  2012/10/16-17 (招待講演)
    • 二階堂愛. 分化に伴う転写ネットワークの再配線を読み解く. 次世代シーケンシングが切り開く医学研究と展望. 京都大学. iPS細胞研究所. 2012/07/31 (招待講演)
    • 二階堂愛. オミックスデータからいかに知識を抽出し証明するか – 統計的・物理化学的モデリングとゲノム設計. NGS現場の会. 大阪. 2012/05/25 (口頭発表、パネラー)
    • Itoshi NIKAIDO. Statistical modeling of the rewiring of transcriptional network with differentiation from quantitative omics data. The 4th Japanese society for quantitative biology, Nagoya, Japan. 2012/01/7-8. (Poster presentation)
  • 2011
    • Itoshi NIKAIDO et. al. Revealing the rewiring of transcriptional network with differentiation from embryonic stem cell to trophoblast stem cell by using ChIP-seq profiles and transcriptome data. The 34th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. Yokohama, Japan. 2011/12/14. (Poster presentation)
    • 二階堂愛. いつも側にいるコラボレータGoogle+を使った共同研究の進め方. 第34回分子生物学会年会 フォーラム  もし分子生物学者が Google+ の招待を受けたら. 2011/12/15. (口頭発表), (講演スライド音声)
    • 二階堂愛. 統計モデルによるChIP-seq, Transcriptome データからの転写因子ネットワーク再配線の予測. イルミナーセミナー. 京都. 2011/07/11 (招待講演)
    • Itoshi NIKAIDO. Statistical integration of Omics-data. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. Cambridge, UK. 2011/07/07 (Oral presentation)
    • Itoshi NIKAIDO. The art of single cell transcriptome data anlaysis. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. Cambridge, UK. 2011/07/07 (Poster presentation)
    • Itoshi NIKAIDO. Quantification of the rewiring of transcriptional network with differentiation from ES cell toTS cell by using ChIP-seq and Gene Expression profiles. NGS現場の会 第1回研究会. Atami, Japan 2011/05/28-29. (Oral presentation)
    • Itoshi NIKAIDO. Novel informatics method for extracting cell state and defined factors with noisy single-cell gene expression data. The 5th International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis. The University of Tokyo, March 3-4th 2011 (Poster presentation)
    • 二階堂愛. ChiP-seq による細胞分化に伴う転写制御ネットワーク再構成の定量. 第46回人工知能学会 分子生物情報研究会. 2011/03/25 (Oral presentation)
    • 二階堂愛. KNOB のこれまでと Cloud 化の展望. オープンバイオ研究会. 2011/03/25 (Oral presentation)
  • -2010
    • 二階堂愛. 次世代シーケンサーによる細胞分化に伴う転写制御ネットワーク再構成の包括的かつ定量的な測定. 定量生物学の会 第三回年会. 2010/11/28 (口頭発表)
    • 二階堂愛. 遺伝子発現とChIP-seqデータの統合による転写制御ネットワークの同定. ワークショップ:1W20-p 新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか:統合データベースプロジェクトからの提案. 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会. 2010/12/07 (口頭発表)
    • Itoshi NIKAIDO. Inferring the rewiring of transcriptional regulatory network in TSC differentiation by ChIP-seq profile. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. 2010/07/05 (Oral presentation)
    • Itoshi NIKAIDO. Prediction of the cell-ratio control network on single cell transcriptome data. Strategic Japanes-UK Cooperative Meeting on Systems Biology. 2010/07/06 (Poster presentation)
    • Itoshi NIKAIDO, Ken Yagi, Hidemasa Bono and Yasushi Okazaki, Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism. 17-20, Mar, 2005. Systems Biology: Global Regulation of Gene. Cold Spring Harbor, NY, USA. (Poster presentation)
    • Nikaido I. et. al. Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism. 2005. 4th Annual Meeting of the Complex Trait Consortium, Groningen. (Poster presentation)
    • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: Development of genome-scale oligonucleotide microarray system for the detection of binding sites of transcription factors. 2005/04/18-21. HGM2005 (HUGO's 10th Human Genome Meeting) Kyoto, Japan
    • 二階堂愛''' et. al. 肝臓トランスクリプトームと血清脂質マーカーの情報を統合した連鎖解析による疾患遺伝子の発見. 2005. 第28回分子生物学会年会. 福岡. 日本. (Poster presentation)
    • Nakachi Y., Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y.: ChIP on chip assay for PPARγ-regulated genes in macrophage. (和名:マクロファージにおけるPPARγ結合領域同定を目的としたChIP on chip解析)2005. 第28回分子生物学会年会. 福岡. 日本.
    • 二階堂愛.  細胞が脂肪をためるとき何が起きているのか? インジェヌイティーパスウェイアナリシスを利用したマイクロアレイ解析. 2005. 9月29日. Ingenuityユーザーミーティング2005. 筑波. (招待講演)
    • 二階堂愛. KNOBが開くバイオインフォマティクスの扉. 2005/03 第3回 人工知能学会 生命知識研究会. 石川県能美市. (口頭発表)
    • 二階堂愛. バイオ向けのLinuxディストリビューション: Knoppix for Bio. 2005. Linux World Expo. Japan. (口頭発表)
    • 二階堂愛. KNOBが開くバイオインフォマティクスとWeb service. 2005. IPAB. Japan (口頭発表)
    • Nikaido I., Minowa M., Yagi K., Sakuraba Y., Bono H., Gondo Y., Noda T., Shiroishi T., Hayashizaki Y., Okazaki Y.: Genome-wide linkage analysis of liver transcriptome and serum lipid content. 2004. 27th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan(和名:第27回日本分子生物学会年会)Kobe, Japan(12/8-11)
    • 二階堂愛. Knoppix for Bio の紹介. 2004. 第0回 オープンバイオ研究会. 神奈川県横浜市. (口頭発表)
    • 二階堂愛 et. al. マイクロアレイと比較ゲノム解析による脂肪細胞への脂肪蓄積減少に関わる遺伝子の探索. 2004. 日本肥満学会. (ポスター発表)
    • 二階堂愛. マイクロアレイとポジショナルキャンディデート法の統合による疾患遺伝子の発見. 2004. バイオインフォマティクスセミナー. 千葉県木更津市. かずさDNA研究所. (口頭発表)
    • 二階堂愛. インジェヌイティーパスウェイアナリシスをもちいたゲノムネットワークの包括的解析. 2004. 東京都品川. 疾患グライコプロテオミクス. (招待講演)
    • Nikaido I.''', Hayashizaki Y. and Okazaki Y. Integrated database for finding novel imprinted genes. 2003. 日本分子生物学会年会. 
    • 二階堂愛. One CD bootable Linux によるバイオインフォマティックス解析環境- Knoppix for Bio の紹介. 2003. Infobiologist, Bioinformatics-jp 合同セミナー. (口頭発表)
    • Nikaido I., Saito C., Mizuno Y., Meguro M., Oshimura M., Yamanaka I., Kiyosawa H., Bono H., Hayashizaki Y. and Okazaki Y. Discovery of the novel imprinted genes from huge transcriptome using RIKEN cDNA microarray and bioinformatics approach. 2002. 日本分子生物学会年会. 神奈川県横浜市
    • Nikaido I. DASで結ぶ Genome annotatio と Functional annotation. 2002. Infobiologist. 静岡県三島市, 国立遺伝学研究所. (口頭発表)
    • Nikaido I. and Kasukawa T. Sequence quality database for FANTOM. 2002. FANTOM2 Cherry Blossum Meeting, Yokohama, Kanagawa, Japan. (Oral presentation)
    • Nikaido I., Saito T., Bono H. and Okazaki Y. New imprinted genes in MATRICS. 2002. FANTOM2 Cherry Blossum Meeting, Yokohama, Kanagawa, Japan.
    • Itoshi NIKAIDO, Erika ASAMIZU, Maiko NAKAJIMA, Yasukazu NAKAMURA, Naotsune SAGA and Satoshi TABATA. Expressed sequence tags of a marine red alga Porphyra yezoensis. The International Marine Biotechnology Conference 2000. 3 Oct 2000, Townsville, QLD, Australia. (Oral presentation)
    • Nikaido I. 機能アノテーションがどのように実験生物に役立つか. ゲノム情報解析技術チュートリアル. 2001. 千葉県木更津市、かずさDNA研究所
    • Nikaido, I., Iizuka, O. and Saga N. 異型世代交代の制御機構解明を見据えたスサビノリEST解析プロジェクト. 日本アクアゲノム研究会 第5回シンポジウム 2001年4月1日
Lecture
  • 二階堂愛. R入門 「統計解析の基礎からNGS解析まで」 大阪大学微生物研究所 夏の学校. 2012/08/25. 滋賀.
  • 二階堂愛. R + Bioconductor によるNGSデータ解析.  NBDCデータベース講習会. 2012/08/24. 東北大学医学部. 仙台. 
  • 二階堂愛. R + Bioconductor によるChIP-seq データ解析の基礎.  Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会. 2012/02/22. 横浜. (講義資料)
  • 二階堂愛. 実験生物学者のためのリテラシーとしての遺伝子発現解析. 2007年生命科学 夏の学校. 生化学若い研究者の会. 埼玉.
  • 二階堂愛. 生命情報技術者養成コース:カリキュラム:バイオインフォマティクス速習II. 2006年10月24日. CBRC. Tokyo.
  • 二階堂愛. KNOBを使ったバイオインフォマティクス環境構築実習. 2005年11月29日 (火). KAST. Tokyo.
  • 二階堂愛. KNOBを使った配列解析とマイクロアレイ解析の基礎. ゲノム情報利用ワークショップ. 2005. かずさDNA研究所.
  • 二階堂愛. KNOBを使った配列解析の基礎. ハンズオンセミナー. 2005/03. 第1回 オープンバイオ研究会. 石川県能美市.

Books & 和文総説

  • 代表的な著書・翻訳
  • 詳細
    • 2016
    • 2015
      • 二階堂愛1細胞からのlncRNAの網羅的計測. 実験医学増刊. ノンコーディングRNAテキストブック. 2015年10月. 羊土社.
      • 露崎弘毅, 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqのヒートマップによる可視化と相互情報量による発現分布差解析 (R+biomaRt+reshap2+ggplot2+entory). 次世代シークエンサーDRY解析教本. 2015年10月. 秀潤社. 
      • 二階堂愛, iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速計測する技術の開発. 再生医療 ー新たな医療を求めてー. 2015. 日本臨牀社
      • 二階堂愛, 笹川洋平. 網羅的な1細胞遺伝子発現計測とデータ解析手法の現状と将来. 2015年1月. 実験医学. 羊土社.
    • 2014
      • 二階堂愛 (編). 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社. 2014
        • 二階堂愛. RとBioconductorでChIP-seqデータを解析する.
        • 笹川洋平. 二階堂愛. 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる
        • 團野宏樹. 笹川洋平. 二階堂愛. メチル化結合タンパク質でDNAメチル化を定量する.
      • 荒引健, 石田基広, 高橋康介, 林真広, 二階堂愛. R言語上級ハンドブック. シーアンドアール研究所
    • 2013
    • -2011
      • 二階堂愛: オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス (1, 2, 4章, 付録A, B). Open Bio Japan編, 東京電機大学出版局. 2008.
      • 二階堂愛: 医学・生物学研究のための検索エンジン活用. バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法, 改訂第2版. 羊土社. 2007.
      • 二階堂愛''': 知識ベースを利用した分子間相互作用 - IPAの利用法. 分子間相互作用解析ハンドブック. 羊土社. 2007.Itoshi Nikaido: 第4章 2色蛍光スポット型アレイの前処理 (Chapter 4: Preprocessing Two-Color Spotted Arrays), RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor), pp. 55-79, Springer Japan, 2007.
      • Itoshi Nikaido: 第5章 セルベースアッセイ (Chapter 5: Cell-Based Assays), RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor), pp. 81-105, Springer Japan, 2007. 
      • 二階堂愛. 統計解析環境Rのゲノム解析向けライブラリ集 Bioconductor. 人工知能学会誌. vol.22 no.1 (2007年1月)
      • 二階堂愛. バイオインフォマティクスの扉を開き、裾野を広げるKNOB. 特集:バイオインフォマティクスの親潮流, 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター 第12号. Feb. 2006.
      • 二階堂愛. 遺伝学とマイクロアレイの統合による疾患遺伝子の発見. ゲノム情報はこう活かせ!比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する. 岡崎康司、坊農秀雅 編集 羊土社 ISBN 4-89706-485-6. 2005
      • 二階堂愛. 第2章. 配列の収集と蓄積. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版. 岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル. ISBN4-89592-426-2. (原著 "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2nd edition" by David W. Mount Cold Spring Harbor Laboratory Press) 2005. 
      • 二階堂愛. ゲノムネットワーク時代を生き抜くためのシグナルパスウェイと遺伝子ネットワークの知識ベース.  2005. テクノトレンド. Bioテクノロジージャーナル. 1-2月号.  羊土社. 
      • 二階堂愛. ゲノム医学研究のためのインターネットリソース. ゲノムと疾患. 村松正實 監修 南山堂 ISBN 4-52513-051-2. 2004
      • 坊農秀雅、八木研、仲地豊、'''二階堂愛'''、岡崎康司 脂肪・骨芽細胞分化ネットワークのクロストークと冗長性の解明. 2004
      • 二階堂愛. 配列の取扱い.  EMBOSSを用いた配列解析への手引き. JAMBO JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator's Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)
      • 二階堂愛. EMBOSSを用いた配列解析への手引き. JAMBO JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator's Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)
      • 二階堂愛. EMBOSSのインストール. EMBOSS管理者の手引き. JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator's Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)
      • 二階堂愛. 第2章. 配列の収集と蓄積. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ. 岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル ISBN4-89592-307-X. (原著 "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis" by David W. Mount Cold Spring Harbor Laboratory Press)
Research Grants
  • 2016-2022: JST 戦略的創造研究推進事業. 臓器・組織内未知細胞の命運・機能の1細胞オミクス同時計測. (代表)
  • 2014-2016: MEXT 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業 解析拠点 機能ゲノミクスB 超微量RNAシーケンス技術の支援と高度化 (代表: 105,000,000円)
  • 2013-2015: JSPS KAKENHI Grant, Grant-in-Aid for Young Scientists (B) (代表: 4,290,000円)
  • 2013-2017: JST Projects for Technological Development, Research Center Network for Realization of Regenerative Medicine. (代表: 250,000,000円)
Patents
  • 骨芽細胞分化促進剤及び抑制剤並びに骨形成促進剤、骨粗鬆症の治療薬、抗肥満薬及びスクリーニング方法. 特開2010-030956
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